（1）行业多头管理

污水处理行业涉及主管部门较多，环保部是我国环保行业的主管部门，各级环保部门负责环境保护工作的统一监督管理；住建部负责污水处理工程设计和工程建设的行政管理；水利部门负责审定污水处理工程附近水域纳污能力以及提出限制排污总量的意见；发改委负责宏观管理，制定产业政策。多头管理会导致职能交叉的情况，且不同部门间行业标准、收费标准不能统一，导致办事效率低下。

（2）管网建设滞后

污水处理是一个系统性工程，经历了进水、污水处理及排水等阶段。在污水处理环节需进行污水处理厂的建设来满足其要求，在进水及排水环节需进行管网的建设。

目前我国管网整体普及率较低，大量污水因缺乏管网的输送而直接进行排放，致使较多污水处理厂建成后没有及时发挥环保效益；已有的管网也存在不同程度的老化问题，可能对经过处理的用水造成二次污染。管网建设滞后将导致污水直接排放、用水二次污染等问题，将影响污水处理行业的发展。

（3）专业化运营程度不高

污水处理行业虽然取得了较快的发展，但市场化运作时间较短，市场化运营程度依然不高。行业内多数企业的人员素质偏低且缺乏先进高效的技术。由于没有建立较为完善的成本控制及激励机制，各企业无法有效地控制运营成本及保证污水处理质量。

同时，由于我国污水处理收费标准普遍偏低，导致污水处理企业的盈利空间较少，且由于该行业具有前期资金投入较大且资金回收期较长的特点，行业内企业的生存压力巨大，无法在人员培训及良好配置、技术研发与创新等核心问题上投入较多资金。在行业内，目前各企业发展良莠不齐，专业化运营程度整体不高。

（4）缺乏配套融资工具

污水处理行业具有前期资金投入大、投资回收周期长的特点，因而对行业内企业的资金实力提出较高的要求。大多数污水处理企业的主要融资渠道依然为银行借款，融资成本较高。目前，行业内缺乏与其产业发展相适应的收益较低、长期、稳定的金融配套工具来满足企业的资金需求。